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path: root/gnu/packages/bioinformatics.scm
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2018-03-03gnu: Add fastqc.Ricardo Wurmus
* gnu/packages/bioinformatics.scm (fastqc): New variable.
2018-03-02gnu: cutadapt: Update to 1.16.Ricardo Wurmus
* gnu/packages/bioinformatics.scm (cutadapt): Update to 1.16. [source]: Fetch via git. [arguments]: Remove. [native-inputs]: Replace python-nose with python-pytest.
2018-03-01gnu: r-scran: Update to 1.6.8.Ricardo Wurmus
* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-scran): Update to 1.6.8.
2018-03-01gnu: r-wgcna: Update to 1.63.Ricardo Wurmus
* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-wgcna): Update to 1.63.
2018-03-01gnu: r-topgo: Update to 2.30.1.Ricardo Wurmus
* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-topgo): Update to 2.30.1.
2018-03-01gnu: r-genomicranges: Update to 1.30.3.Ricardo Wurmus
* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genomicranges): Update to 1.30.3.
2018-03-01gnu: r-limma: Update to 3.34.9.Ricardo Wurmus
* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-limma): Update to 3.34.9.
2018-03-01gnu: r-edger: Update to 3.20.9.Ricardo Wurmus
* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-edger): Update to 3.20.9.
2018-03-01gnu: r-shortread: Update to 1.36.1.Ricardo Wurmus
* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-shortread): Update to 1.36.1.
2018-03-01gnu: r-dexseq: Update to 1.24.3.Ricardo Wurmus
* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-dexseq): Update to 1.24.3.
2018-02-22gnu: r-qtl: Update to 1.42-8.Ricardo Wurmus
* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-qtl): Update to 1.42-8.
2018-02-19gnu: r-delayedmatrixstats: Update to 1.0.3.Ricardo Wurmus
* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-delayedmatrixstats): Update to 1.0.3.
2018-02-19gnu: r-scater: Update to 1.6.3.Ricardo Wurmus
* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-scater): Update to 1.6.3.
2018-02-19gnu: r-gviz: Update to 1.22.3.Ricardo Wurmus
* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-gviz): Update to 1.22.3.
2018-02-19gnu: r-gprofiler: Update to 0.6.4.Ricardo Wurmus
* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-gprofiler): Update to 0.6.4.
2018-02-19gnu: r-ensembldb: Update to 2.2.2.Ricardo Wurmus
* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-ensembldb): Update to 2.2.2.
2018-02-19gnu: r-seurat: Update to 2.2.1.Ricardo Wurmus
* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-seurat): Update to 2.2.1. [propagated-inputs]: Remove r-nmf; add r-metap.
2018-02-19gnu: r-qtl: Update to 1.42-7.Ricardo Wurmus
* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-qtl): Update to 1.42-7.
2018-02-19gnu: r-genomicranges: Update to 1.30.2.Ricardo Wurmus
* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genomicranges): Update to 1.30.2.
2018-02-19gnu: r-getopt: Update to 1.20.2.Ricardo Wurmus
* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-getopt): Update to 1.20.2.
2018-02-19gnu: r-bookdown: Update to 0.7.Ricardo Wurmus
* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-bookdown): Update to 0.7. [propagated-inputs]: Add r-tinytex.
2018-02-18Merge branch 'master' into core-updatesRicardo Wurmus
2018-02-17gnu: vsearch: Update to 2.7.1.Ben Woodcroft
* gnu/packages/bioinformatics.scm (vsearch): Update to 2.7.1.
2018-02-16Merge branch 'master' into core-updatesMark H Weaver
2018-02-16gnu: diamond: Update to 0.9.18.Ben Woodcroft
* gnu/packages/bioinformatics.scm (diamond): Update to 0.9.18.
2018-02-15gnu: Add python-loompy.Ricardo Wurmus
* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-loompy): New variable.
2018-02-15gnu: Add r-dropbead.Ricardo Wurmus
* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-dropbead): New variable.
2018-02-15gnu: Add r-delayedmatrixstats.Ricardo Wurmus
* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-delayedmatrixstats): New variable.
2018-02-14Merge branch 'master' into core-updatesMark H Weaver
2018-02-14gnu: vsearch: Update to 2.7.0.Ben Woodcroft
* gnu/packages/bioinformatics.scm (vsearch): Update to 2.7.0.
2018-02-13Merge branch 'master' into core-updatesMark H Weaver
2018-02-13gnu: r-gprofiler: Update to 0.6.3.Ricardo Wurmus
* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-gprofiler): Update to 0.6.3.
2018-02-13gnu: r-ensembldb: Update to 2.2.1.Ricardo Wurmus
* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-ensembldb): Update to 2.2.1.
2018-02-13gnu: r-gage: Update to 2.28.2.Ricardo Wurmus
* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-gage): Update to 2.28.2.
2018-02-13gnu: r-keggrest: Update to 1.18.1.Ricardo Wurmus
* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-keggrest): Update to 1.18.1.
2018-02-13gnu: r-seurat: Update to 2.2.0.Ricardo Wurmus
* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-seurat): Update to 2.2.0. [propagated-inputs]: Remove r-ggjoy; add r-rcppeigen and r-ggridges.
2018-02-13gnu: r-msnbase: Update to 2.4.2.Ricardo Wurmus
* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-msnbase): Update to 2.4.2.
2018-02-13gnu: r-methylkit: Update to 1.4.1.Ricardo Wurmus
* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-methylkit): Update to 1.4.1.
2018-02-13gnu: r-gkmsvm: Update to 0.79.0.Ricardo Wurmus
* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-gkmsvm): Update to 0.79.0.
2018-02-13gnu: r-wgcna: Update to 1.62.Ricardo Wurmus
* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-wgcna): Update to 1.62.
2018-02-13gnu: r-genomation: Update to 1.11.3.Ricardo Wurmus
* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genomation): Update to 1.11.3.
2018-02-13gnu: r-genomicfeatures: Update to 1.30.3.Ricardo Wurmus
* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genomicfeatures): Update to 1.30.3.
2018-02-13gnu: r-rtracklayer: Update to 1.38.3.Ricardo Wurmus
* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-rtracklayer): Update to 1.38.3.
2018-02-13gnu: r-summarizedexperiment: Update to 1.8.1.Ricardo Wurmus
* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-summarizedexperiment): Update to 1.8.1.
2018-02-13gnu: r-biomart: Update to 2.34.2.Ricardo Wurmus
* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-biomart): Update to 2.34.2.
2018-02-13gnu: r-genomicranges: Update to 1.30.1.Ricardo Wurmus
* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genomicranges): Update to 1.30.1.
2018-02-13gnu: r-limma: Update to 3.34.8.Ricardo Wurmus
* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-limma): Update to 3.34.8.
2018-02-13gnu: r-variantannotation: Update to 1.24.5.Ricardo Wurmus
* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-variantannotation): Update to 1.24.5.
2018-02-13gnu: r-edger: Update to 3.20.8.Ricardo Wurmus
* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-edger): Update to 3.20.8.
2018-02-13gnu: r-bookdown: Update to 0.6.Ricardo Wurmus
* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-bookdown): Update to 0.6. [propagated-inputs]: Add r-xfun and ghc-pandoc.
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