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path: root/gnu/packages/bioinformatics.scm
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2018-03-16gnu: Add pigx-scrnaseq.•••* gnu/packages/bioinformatics.scm (pigx-scrnaseq): New variable. Ricardo Wurmus
2018-03-16gnu: kentutils: Build with mariadb.•••* gnu/packages/bioinformatics.scm (kentutils)[inputs]: Replace mysql with mariadb. Ricardo Wurmus
2018-03-15gnu: Add Diversitree.•••* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-diversitree): New variable. Leo Famulari
2018-03-11gnu: Add pigx-bsseq.•••* gnu/packages/bioinformatics.scm (pigx-bsseq): New variable. Ricardo Wurmus
2018-03-11gnu: Add pigx-chipseq.•••* gnu/packages/bioinformatics.scm (pigx-chipseq): New variable. Ricardo Wurmus
2018-03-09gnu: r-rhdf5lib: Make build reproducible.•••* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-rhdf5lib)[arguments]: Remove timestamp and host system kernel version. Ricardo Wurmus
2018-03-08gnu: Add r-phangorn.•••* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-phangorn): New variable. Ricardo Wurmus
2018-03-08gnu: r-ape: Move to (gnu packages cran).•••* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-ape): Move from here... * gnu/packages/cran.scm (r-ape): ...to here. Ricardo Wurmus
2018-03-08gnu: r-dropbead: Update to 0-2.d746c6f.•••* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-dropbead): Update to 0-2.d746c6f. Ricardo Wurmus
2018-03-07gnu: Add pigx-rnaseq.•••* gnu/packages/bioinformatics.scm (pigx-rnaseq): New variable. Ricardo Wurmus
2018-03-06gnu: samtools: Update to 1.7.•••* gnu/packages/bioinformatics.scm (samtools): Update to 1.7. Ricardo Wurmus
2018-03-06gnu: htslib: Update to 1.7.•••* gnu/packages/bioinformatics.scm (htslib): Update to 1.7. [arguments]: Remove field. Ricardo Wurmus
2018-03-06gnu: r-rhdf5: Make build reproducible.•••* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-rhdf5)[arguments]: Remove timestamp and host system information from settings file. Ricardo Wurmus
2018-03-04gnu: piranha: Declare a source file-name.•••* gnu/packages/bioinformatics.scm (piranha)[source]: Declare a source file-name. Efraim Flashner
2018-03-04gnu: libdivsufsort: Declare a source file-name.•••* gnu/packages/bioinformatics.scm (libdivsufsort)[source]: Declare a source file-name. Efraim Flashner
2018-03-04gnu: seek: Declare a source file-name.•••* gnu/packages/bioinformatics.scm (seek)[source]: Declare a source file-name. Efraim Flashner
2018-03-04gnu: r-dropbead: Declare a source file-name.•••* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-dropbead)[source]: Declare a source file-name. Efraim Flashner
2018-03-03gnu: Add dropseq-tools.•••* gnu/packages/bioinformatics.scm (dropseq-tools): New variable. Ricardo Wurmus
2018-03-03gnu: Add java-picard-2.10.3.•••* gnu/packages/bioinformatics.scm (java-picard-2.10.3): New variable. Ricardo Wurmus
2018-03-03gnu: Add java-htsjdk-2.10.1.•••* gnu/packages/bioinformatics.scm (java-htsjdk-2.10.1): New variable. Ricardo Wurmus
2018-03-03gnu: Add java-htsjdk-latest.•••* gnu/packages/bioinformatics.scm (java-htsjdk-latest): New variable. Ricardo Wurmus
2018-03-03gnu: Add java-biojava-alignment-4.0.•••* gnu/packages/bioinformatics.scm (java-biojava-alignment-4.0): New variable. Ricardo Wurmus
2018-03-03gnu: Add java-biojava-phylo-4.0.•••* gnu/packages/bioinformatics.scm (java-biojava-phylo-4.0): New variable. Ricardo Wurmus
2018-03-03gnu: Add java-biojava-core-4.0.•••* gnu/packages/bioinformatics.scm (java-biojava-core-4.0): New variable. Ricardo Wurmus
2018-03-03gnu: Add java-biojava-alignment.•••* gnu/packages/bioinformatics.scm (java-biojava-alignment): New variable. Ricardo Wurmus
2018-03-03gnu: Add java-biojava-phylo.•••* gnu/packages/bioinformatics.scm (java-biojava-phylo): New variable. Ricardo Wurmus
2018-03-03gnu: Add java-forester-1.005.•••* gnu/packages/bioinformatics.scm (java-forester-1.005): New variable. Ricardo Wurmus
2018-03-03gnu: Add java-forester.•••* gnu/packages/bioinformatics.scm (java-forester): New variable. Ricardo Wurmus
2018-03-03gnu: Add java-biojava-core.•••* gnu/packages/bioinformatics.scm (java-biojava-core): New variable. Ricardo Wurmus
2018-03-03gnu: Add fastqc.•••* gnu/packages/bioinformatics.scm (fastqc): New variable. Ricardo Wurmus
2018-03-02gnu: cutadapt: Update to 1.16.•••* gnu/packages/bioinformatics.scm (cutadapt): Update to 1.16. [source]: Fetch via git. [arguments]: Remove. [native-inputs]: Replace python-nose with python-pytest. Ricardo Wurmus
2018-03-01gnu: r-scran: Update to 1.6.8.•••* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-scran): Update to 1.6.8. Ricardo Wurmus
2018-03-01gnu: r-wgcna: Update to 1.63.•••* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-wgcna): Update to 1.63. Ricardo Wurmus
2018-03-01gnu: r-topgo: Update to 2.30.1.•••* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-topgo): Update to 2.30.1. Ricardo Wurmus
2018-03-01gnu: r-genomicranges: Update to 1.30.3.•••* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genomicranges): Update to 1.30.3. Ricardo Wurmus
2018-03-01gnu: r-limma: Update to 3.34.9.•••* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-limma): Update to 3.34.9. Ricardo Wurmus
2018-03-01gnu: r-edger: Update to 3.20.9.•••* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-edger): Update to 3.20.9. Ricardo Wurmus
2018-03-01gnu: r-shortread: Update to 1.36.1.•••* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-shortread): Update to 1.36.1. Ricardo Wurmus
2018-03-01gnu: r-dexseq: Update to 1.24.3.•••* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-dexseq): Update to 1.24.3. Ricardo Wurmus
2018-02-22gnu: r-qtl: Update to 1.42-8.•••* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-qtl): Update to 1.42-8. Ricardo Wurmus
2018-02-19gnu: r-delayedmatrixstats: Update to 1.0.3.•••* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-delayedmatrixstats): Update to 1.0.3. Ricardo Wurmus
2018-02-19gnu: r-scater: Update to 1.6.3.•••* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-scater): Update to 1.6.3. Ricardo Wurmus
2018-02-19gnu: r-gviz: Update to 1.22.3.•••* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-gviz): Update to 1.22.3. Ricardo Wurmus
2018-02-19gnu: r-gprofiler: Update to 0.6.4.•••* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-gprofiler): Update to 0.6.4. Ricardo Wurmus
2018-02-19gnu: r-ensembldb: Update to 2.2.2.•••* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-ensembldb): Update to 2.2.2. Ricardo Wurmus
2018-02-19gnu: r-seurat: Update to 2.2.1.•••* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-seurat): Update to 2.2.1. [propagated-inputs]: Remove r-nmf; add r-metap. Ricardo Wurmus
2018-02-19gnu: r-qtl: Update to 1.42-7.•••* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-qtl): Update to 1.42-7. Ricardo Wurmus
2018-02-19gnu: r-genomicranges: Update to 1.30.2.•••* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genomicranges): Update to 1.30.2. Ricardo Wurmus
2018-02-19gnu: r-getopt: Update to 1.20.2.•••* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-getopt): Update to 1.20.2. Ricardo Wurmus
2018-02-19gnu: r-bookdown: Update to 0.7.•••* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-bookdown): Update to 0.7. [propagated-inputs]: Add r-tinytex. Ricardo Wurmus
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